蛋白酶的底物特異性（sigma的合成底物）

問：新篩選的蛋白酶，用sigma合成底物測其底物特異性，包括lys－pNA,phe－pNA,leu－pNA，ala－nitroanilide hydrochloride，glu－nitroanilide，但都沒有顯色，就是說沒有酶活。 難道對這些位點(diǎn)都不切割嗎？有沒有可能有其他原因？合成小肽的長度對酶特異性影響大嗎？另外，有一些底物是用dmso溶解的，我的酶不耐有機(jī)溶劑，但底物只占終體積的1/10,dmso會(huì)對我的酶產(chǎn)生影響嗎？謝謝！

答：合成小肽的長度對酶活的影響是的。一直在做一個(gè)三肽酶，產(chǎn)物是 N 端三肽，實(shí)驗(yàn)中只能用 Xaa-Xaa-Xaa-pNA 來測定活性，其他長度一個(gè)也不行。如果這個(gè)蛋白酶是羧基肽酶，那就要與氨基肽酶連用測定活性。酶切位點(diǎn)的左右是什么性質(zhì)的氨基酸也需要注意。先做個(gè)同源比對，看看類似的蛋白酶切的是什么底物。爭取做到心中有數(shù)。多做一些底物，如果發(fā)現(xiàn)新的zui適底物，特別是氨基酸性質(zhì)相差較遠(yuǎn)的時(shí)候，對寫文章很有利。